A szárazföldi növények evolúciója és rendszertana Vezérfonal egy nem is olyan könnyű tárgy tanulásához Podani, János a szárazföldi növények evolúciója és rendszertana: Vezérfonal egy nem is olyan könnyű tárgy tanulásához

Sattath, S. és Tversky, A.. „Additive similarity trees”. 319-345. . . . 1977. . 42. .

Savolainen, V., Chase, M. W., és Hoot, S. B.. „Phylogenetics of flowering plants based on combined analysis of plastid atpB and rbcL gene sequences”. 306-362. Syst. Biol.. . . 2000. . 49. .

[] Schuh, R. T.. Biological Systematics. Principles and Applications. . Comstock. Ithaca . 2000. . .

Schuh, R. T. és Farris, J. S.. „Methods for investigating taxonomic congruence and their application to the Leptopodomorpha”. 331-351. Syst. Zool.. . . 1981. . 30. .

Schuster, R. M.. „On Takakia and the phylogenetic relationships of the Takakiales”. 281-310. Nova Hedwigia. . . 1997. . 64. 3-4.

Seberg, O., Humphries, C. J., és Knapp, S.. „Shortcuts in systematics? A commentary on DNA-based taxonomy”. 63-65. Trends Ecol. Evol.. . . 2003. . 18. 2.

Selosse, M.-A.. „Prototaxites: a 400 MYR old giant fossil, a saprophytic holobasidiomycete, or a lichen?”. 642-644. Mycological Research. . . 2002. . . 106.

Shao, K. és Rohlf, F. J.. „Sampling distribution of consensus indices when all bifurcating trees are equally likely”. 132-136. Felsenstein. . . 1983. . . .

[] Simon, T.. A magyarországi edényes flóra határozója. Harasztok - virágos növények. . Tankönyvkiadó. Budapest . 1992. . .

[] Sitte, P., Ziegler, H., Ehrendorfer, F., és Bresinsky, A.. Strasburger - Lehrbuch der Botanik. . Gustav Fischer. Stuttgart . 1998. . .

Smith, A. R., Pryer, K. M., Schuettpelz, E., Korall, P., és Schneider, H.. „A classification for ex-tant ferns”. 705-731. Taxon. . . 2006. . 55. .

Smith, D. és Davison, P. G.. „Antheridia and sporophytes in Takakia ceratophylla (Mitt.) Grolle: Evidence for reclassification among the mosses”. 263-271. J. Hattori Bot. Lab.. . . 1993. . 73. .

Smith, F. A. és Smith, S. E.. „Structural diversity in (vesicular)-arbuscular mycorrhizal symbiosis”. 373-388. New Phytol.. . . 1997. . . 137.

[] Smith, G. F.. Mesembs of the World. . Briza. Pretoria . 1998. . .

[] Smith, G. M.. Cryptogamic botany. 2.. Bryophytes and pteridophytes. . McGraw-Hill. New York . 1938. . .

Smith, P. G. és Phipps, J. B.. „Consensus trees in phenetic analysis”. 586-594. Taxon. . . 1984. . 33. .

Smith, J. A. C. és Winter, K.. „Taxonomic distribution of crassulacean acid metabolism”. 427-436. Ecological Studies. Springer. Berlin . 1996. . 114. .

Sneath, P. H.. „Thirty years of numerical taxonomy”. 281-298. Syst. Biol.. . . 1995. . 44. .

[] Sneath, P. H. A. és Sokal, R. R.. Numerical Taxonomy. . Freeman. San Francisco . 1973. . .

Sober, E.. „Parsimony in systematics: philosophical issues”. 335-357. Ann. Rev. Ecol. Syst.. . . 1983. . 14. .

[] Sober, E.. Reconstructing the Past: Parsimony, Evolution and Inference. . MIT Press. Cambridge, Mass. . 1988. . .

Sokal, R. R.. „Phenetic taxonomy: theory and methods”. 423-442. Ann. Rev. Ecol. Syst.. . . 1986. . 17. .

Sokal, R. R. és Rohlf, F. J.. „Taxonomic congruence in the Leptopodomorpha re-examined”. 309-325. Syst. Zool.. . . 1981b. . 30. .

Soltis, D. E. és Soltis, P. S.. „Contributions of plant molecular systematics to studies of molecular evolution”. 45-75. Plant Mol. Biol.. . . 2000. . 42. .

Soltis, D. E., Soltis, P. S., és Albert, V. A.. „Missing links: the genetic architecture of flower and floral diversification”. 22-31. Trends Plant. Sci.. . . 2002. . 7. .

Soltis, D. E., Soltis, P. S., és Chase, M. W.. „Angiosperm phylogeny inferred from 18S rDNA, rbcL, and atpB sequences”. 381-461. Bot. J. Linn. Soc.. . . 2000. . 133. .

Soltis, D. E., Soltis, P. S., és Morgan, D. R.. „Chloroplast gene sequence data suggest a single origin of the predisposition for symbiotic nitrogen-fixation in angiosperms”. 2647-2651. P. Natl. Acad. Sci. USA. . . 1995. . 92. 7.

Soltis, D. E., Soltis, P. S., és Nickrent, D. L.. „Angiosperm phylogeny inferred from 18S ribosomal DNA sequences”. 1-49. Ann. Mo. Bot. Gard.. . . 1997. . 84. .

Soltis, P. S., Soltis, D. E., és Wolf, P. G.. „The phylogeny of land plants inferred from 18S rDNA sequences: Pushing the limits of rDNA signal?”. 1774-1784. Mol. Biol. Evol.. . . 1999. . 16. .

Soltis, D. E., Soltis, P. S., Chase, M. W., Mort, M. E., és Albach, T. D.. „Angiosperm phylogeny inferred from 18S rDNA, rbcL, and atpB sequences”. 381-461. Bot. J. Linnean Soc.. . . 2000. . 133. .

Soltis, P. S., Soltis, D. E., és Chase, M. W.. „Angiosperm phylogeny inferred from multiple genes as a tool for comparative biology”. 402-404. Nature. . . 1999. . . 402 (6760).

Soltis, P. S. és Soltis, D. E.. „Molecular systematics: assembling and using the Tree of Life”. 663-677. Taxon. . . 2001. . 50. .

[] Soó, R.. Fejlődéstörténeti növényrendszertan. . Tankönyvkiadó. Budapest . 1965. . .

Sporne, K. R.. „Character correlations among angiosperms and the importance of fossil evidence in assessing their significance”. 312-329. Origin and Early Evolution of Angiosperms. Columbia Univ. Press. New York . 1976. . . . Beck, C. B..

[] Stace, C. A.. Plant Taxonomy and Biosystematics. . E. Arnold. London . 1980. . .

Stech, M., Frahm, J. P., Hilger, H. H., és Frey, W.. „Molecular relationship of Treubia Goebel (Treubiaceae, Treubiopsida) and high taxonomic level classification of the Hepaticophytina - Studies in austral temperate rain forest bryophytes 6.”. 195-208. Nova Hedwigia. . . 2000. . 71. .

Stech, M. és Frey, W.. „CpDNA-relationship and classification of the liverworts (Hepaticophytina, Bryophyta)”. 45-58. Nova Hedwigia. . . 2001. . 72. .

Stefanovic, S., Jager, M., és Deutsch, J.. „Phylogenetic relationships of conifers inferred from partial 28S rRNA gene sequences”. 688-697. Am. J. Bot.. . . 1998. . 85. .

Stevens, P. F.. „ Angiosperm Phylogeny Website. Version 7, May 2006 [and more or less continuously updated since]." 2002-től folyamatosan ”. . . . . . . . .

[] Stewart, W. N. és Rothwell, G. W.. Paleobotany and the Evolution of Plants. 2nd ed.. . Cambridge Univ. Press. Cambridge . 1993. . .

Stinebrickner, R.. „S-consensus trees and indices”. 923-935. Bull. Math. Biol.. . . 1984. . 46. .

Stockey, R. A., Hoffman, G. L., és Rothwell, G. W.. „The fossil monocot Limnobiophyllum scutatum: Resolving the phylogeny ofLemnaceae”. 355-368. Amer. J. Bot.. . . 1997. . 84. .

[] Stuessy, T. F.. Plant Taxonomy. The Systematic Evaluation of Comparative Data. . Columbia University Press. New York . 1990. . .

Swofford, D. L.. „On the utility ofthe distance Wagner procedure”. 25-43. Funk and Brooks. . . 1981. . . .

[] Swofford, D. L.. PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony. Ver. 3.0.. . Illinois Natl. Hist. Surv.. Champaign, Illinois . 1990. . .

Swofford, D. L.. „When are phylogeny estimates from molecular and morphological data incongruent?”. 295-333. Miyamoto and Cracraft. . . 1991. . . .

Swofford, D. L. és Maddison, W. P.. „Reconstructing ancestral character states under Wagner parsimony”. 199-229. Math. Biosci.. . . 1987. . 87. .

Swofford, D. L. és Olsen, G. J.. „Phylogeny reconstruction”. 411-501. Molecular Systematics. Sinauer. Sunderland, Mass., USA . 1990. . . . Hillis, D. M.. Moritz, C..

Sytsma, K. J., Morawetz, J., Pires, J. C., Nepokroeff, M., és Conti, E.. „Urticalean rosids: Circumscription, rosid ancestry, and phylogenetics based on rbcL, trnL-F, and ndhF sequences”. 1531-1546. Amer. J. Bot.. . . 2002. . 89. .

Sytsma, K. J. és Pires, J. C.. „Plant systematics in the next 50 years - re-mapping the new frontier”. 713-732. Taxon. . . 2001. . 50. .

[] Szathmáry, E. és Maynard Smith, J.. A földi élet regénye. . Vince Kiadó. Budapest . 2000. . .

[] Takhtajan, A.. Floristic Regions of the World. . Univ. Calif. Press. Berkeley . 1986. . .

Tank, D. C., Beardsley, P. M., és Kelchner, S. A.. „Review of the systematics of Scrophulariaceae s.l. and their current disposition”. 289-307. Aust. Syst. Bot.. . . 2006. . 19. .

Tateno, Y., Nei, M., és Tajima, F.. „Accuracy of estimated phylogenetic trees from molecular data. I. Distantly related trees”. 387-404. J. Mol. Evol.. . . 1982. . 18. .

Tautz, D., Arctander, P., és Minelli, A.. „A plea for DNA taxonomy”. 70-74. Trends Ecol. Evol.. . . 2003. . 18. 2.

Taylor, T. N.. „The origin ofland plants: some answers, more questions”. 805-833. Taxon. . . 1988. . 37. .

Theissen, G., Becker, A., és Di Rosa, A.. „A short history of MADS-box genes in plants”. 115-149. Plant Mol. Biol.. . . 2000. . 42. .

Tryon, A. F. és Vida, G.. „Platyzoma: A new look at an old link in ferns”. 1109 - 1110. Science. . . 1967. . . 156.

Tucker, S. C. és Kantz, K. E.. „Open carpels with ovules in Fabaceae”. 1065-1073. Int. J. Plant Sci.. . . 2001. . 162. 5.

Turmel, M., Ehara, M., és Otis, C.. „Phylogenetic relationships among streptophytes as inferred from chloroplast small and large subunit rRNA gene sequences”. 364-375. J. Phycol.. . . 2002. . 38. .

Turmel, M., Otis, C., és Lemieux, C.. „The chloroplast and mitochondrial genome sequences of the charophyte Chaetosphaeridium globosum: Insights into the timing of the events that restructured organelle DNAs within the green algal lineage that led to land plants”. 11275-11280. P. Natl. Acad. Sci. USA. . . 2002. . 99. 17.

[] Ujhelyi, P.. A Kárpát-medence gombái és növényei. . Kossuth. Budapest . 2006. . .

Ureta-Vidal, A., Ettwiller, L., és Birney, E.. „Comparative genomics: genome-wide analysis in metazoan eukaryotes”. 251-262. Nature Rev. Genet.. . . 2003. . 4. .

Valiejo-Roman, C. M., Terentieva, E. I., Samigullin, T. H., és Pimenov, M. C.. „Relationships among genera in Saniculoideae and selected Apioideae (Umbelliferae) inferred from nrITS sequences”. 91-101. Taxon. . . 2002. . 51. .

Van de Peer, Y. és De Baere, R.. „Evolution of green plants and their relationship with other photosynthetic eukaryotes as deduced from 5S ribosomal RNA sequences”. 85-96. Plant Syst. Evol.. . . 1990. . . 170.

[] Vida, G.. Evolúció I-V. . Natura. Budapest . 1981-1985. . .

Vitt, D. H.. „Classification of the Bryopsida”. 696-759. New Manual of Bryology. Hattori Bot. Lab.. Nichinan, Japan . 1983. . . . Schuster, R. S..

Wagner, W. H. Jr., . „Problems in the classification of ferns”. 841-844. Recent Advances in Botany. . . 1961. . 1. .

Wang, X. Q., Tank, D. C., és Sang, T.. „Phylogeny and divergence times in Pinaceae: Evidence from three genomes”. 773-781. Mol. Biol. Evol.. . . 2000. . 17. .

Waterman, M. S., Joyce, J., és Eggert, M.. „Computer alignment of sequences”. 59-72. Miyamoto and Cracraft. . . 1991. . . .

Waters, D. A. és Buchheim, M. A.. „Preliminary inferences on the phylogeny of bryophytes from nuclearencoded ribosomal RNA sequences”. 459-466. Amer. J. Bot.. . . 1992. . 79. .

Watrous, L. E. és Wheeler, Q. D.. „The out-group comparison method of character analysis”. 1-11. Syst. Zool.. . . 1981. . 30. .

Watson, L. és Dallwitz, M. J.. „ The Families of Flowering Plants: Descriptions, Illustrations, Identification, and Information Retrieval (1992 onwards) 14th December 2000 ”. . . . . . . . .

[] Weir, B. S.. Genetic Data Analysis. . Sinauer. Sunderland . 1990. . .

Wiens, J. J.. „Polymorphic characters in phylogenetic systematics”. 482-500. Syst. Biol.. . . 1995. . 44. .

Wikstrom, N., Savolainen, V., és Chase, M. W.. „Evolution of the angiosperms: calibrating the family tree”. 2211-2220. P. Roy. Soc. Lonci. B. Bio.. . . 2001. . . 268 (1482).

[] Wiley, E. O.. Phylogenetics. The Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. . Wiley. New York . 1981. . .

Williams, D. M.. „DNA analysis: methods”. 102-123. Forey et al.. . . 1992. . . .

Williams, J. H. és Friedman, W. E.. „Identification of diploid endosperm in an early angiosperm lineage”. 522-526. Nature. . . 2002. . . 415 (6871).

Williams, P. L. és Fitch, W. M.. „Phylogeny determination using dynamically weighted parsimony method”. 615-626. Methods in Enzymology. Vol. 183. Academic Press. San Diego . 1990. . . .

[] Willis, K. J. és McElwain, J. C.. The Evolution of Plants. . Oxford Univ. Press. Oxford . 2002. . .

Winter, K. U., Becker, A., és Munster, T.. „MADS-box genes reveal that gnetophytes are more closely related to conifers than to flowering plants”. 7342-7347. P. Natl. Acad. Sci. USA. . . 1999. . 96. .

Wolf, Y. I., Rogozin, I. B., Grishin, N. V., és Koonin, E. V.. „Genome trees and the Tree of Life”. 472-479. Trends in Genetics. . . 2002. . 18. .

[] Woodland, D. W.. Contemporary Plant Systematics. . Prentice-Hall. Englewood Cliffs, N.J. . 1991. . .

[] Wright, S.. Evolution and the Genetics of Populations. Vol. 4.. Variability within and among Natural Populations. . Univ. Chicago Press. Chicago . 1978. . .

Young, N. D., Steiner, K. E., és dePamphilis, C. W.. „The evolution of parasitism in Scrophulariaceae / Orobanchaceae: Plastid gene sequences refute an evolutionary transition series”. 876-893. Ann. Mo. Bot. Gard.. . . 1999. . 86. 4.

Zanis, M. J., Soltis, D. E., és Soltis, P. S.. „The root of the angiosperms revisited”. 6848-6853. P. Natl. Acad. Sci. USA. . . 2002. . 99. 10.

Zhang, L. B. és Simmons, M. P.. „Phylogeny and delimitation of the Celastrales inferred from nuclear and plastid genes”. 122-137. Syst. Bot.. . . 2006. . 31. .

Zuckerkandl, E. és Pauling, L.. „Molecules as documents of evolutionary history”. 357-366. J. theoret. Biol.. . . 1965. . 8. .

1¹        Egyes új, a nevezéktant is érintő fejleményeket lásd az E függelék végén.

1¹        A zöld növényekhez filogenetikailag a legközelebb álló algák, a vörösmoszatok esetében is fennmarad a zigóta, sőt mitotikusan osztódva létrehozza az első diploid szakaszt (ún. karposporofiton), amely teljes mértékben a gametofitonra van utalva. Majd látni fogjuk, hogy ez a kapcsolat a vörömoszatoktól teljesen függetlenül, a zöld növények körében is kialakul (mohák).

2²        Szigorú kladisztikai definíció szerint a monofiletikus csoport a közös ős összes leszármazottját

1¹        Az angol nyelvű irodalomban a „makrospóra” helyett inkább a „megaspóra” szerepel. Érdemes megjegyeznünk, hogy ez a két kifejezés teljesen azonos jelentésű, csakúgy mint a makrosporangium és a megasporangium, a makrogametofiton és a megagametofiton és a többi hasonló fogalompár.

1¹        A hagyományos osztályozás annyiban tükröződik mindössze, hogy a zsurlók és páfrányok külön fejezetben szerepelnek a jelen könyvben. A legújabb rendszertani kézikönyvek (pl. Judd és mtsai. 2002) is együtt tárgyalják a páfrányokat és a zsurlókat („ferns és fern allies”). Angolul „monilophytes” néven hivatkoznak rájuk, de törzsnevet nem említenek, azaz kerülgetik a témát, mint macska a forró kását. A Moniliformopses név végződése mindenesetre törzsi szinten nem felel meg a nómenklatúrai szabályoknak, így jobb híján a Monilophyta név javasolható.

1¹        Talán nem közismert, hogy az első részletes kísérletes bizonyítékot Darwin szolgáltatta ebben a témában, és 1875-ben, a The Carnivorous Plants c. könyvében értékelte.

1¹        Pl. nukleotidszekvenciák esetén, ha mondjuk a 10. pozícióban A van az ősi szervezetben, és G a leszármazottban, az nem jelenti azt, hogy időközben nem következett be valamilyen más nukleotidcsere ezen a ponton. A végeredményben természetesen csak egy csere látszik. Ez a bizonytalanság persze a fa minden ágán megvan, így a parszimónia elvet nyugodtan alkalmazhatjuk még ebben az esetben is (részletesebben lásd a függelék további részeit).

2²        Ez a megállapítás természetesen objektumfüggő. Nagy számban találunk a molekuláris genetikai irodalomban olyan vizsgálatokat, ahol feltételezhető az azonos mérvű mutációs változás minden ágon (a molekuláris óra „ketyeg”). Ekkor a csoportátlag módszer hatékonyan alkalmazható (Degens 1983, Nei és mtsai. 1983, konkrét példákat lásd pl. Miyahara és mtsai. 1992 cikkében). Másik lehetőség a módszer alkalmazására akkor nyílik, ha nem feltétlenül az evolúciós utak rekonstruálása, hanem az adatszerkezet megvizsgálása a cél.

3³        Így talán érthető, hogy a kladisztikai cikkek bírálói megkövetelik a korrekt utalást mind az alkalmazott módszerre, mind pedig a felhasznált programcsomagra.

4⁴Azért Wagner-fa, mert Farris módszere egy karakter alapozású kladisztikai eljárás általánosítása folytonos típusú változókra, s annak kidolgozása és első alkalmazása Wagner nevéhez fűződik. Ha a „távolság”-ra nincs utalás, amikor Wagner-fákat emlegetnek, akkor nem erről, hanem az A.3. részben ismertetendő módszerről van szó az illető cikkben.

5⁵        Ezek egy nominális típusú változó különféle értékeinek feleltethetők meg.

6⁶        A parallelizmus és a konvergencia megkülönböztetése számunkra nem feltétlenül szükséges, és nem is mindig egyszerű feladat. A légy és madár szárnya vagy pedig a kaktuszok és egyes kutyatejfélék pozsgás szára igen távoli taxonok konvergens evolúciójának eredményei, és ezek ritkán okoznak problémát a kladisztikai elemzésben, mert könnyen felismerhetők, és a további vizsgálatból kizárhatók. A parallelizmus viszont azt jelenti, hogy adott taxonok teljesen hasonló feltételekkel „indulnak”, s azonos változásoknak vannak a későbbiek során kitéve (Gosliner és Ghiselin 1984, Harvey és Pagel 1990). Példa erre az énekesmadarak körében megfigyelhető nagyszámú morfológiai párhuzamosság a különböző kontinenseken.

7⁷        Az is igen gyakran előfordul, hogy az A.7 optimalitási feltételnek kettő vagy több fa is eleget tesz. Ezek között jelentős eltérések is adódhatnak, s az egyetlen megoldás a konszenzus elemzés (A.6. rész).

8⁸        Megtehetjük persze, hogy a tranzíciókat egyszerűen kihagyjuk a parszimónia elemzés során. A „global parsimony” elemzéssel szemben, a „transversion parsimony” módszere csak a transzverziókra összpontosít (pl. Cracraft és Helm-Bychowski 1990).

1¹        A fajfogalom megvitatása nem a jelen könyv feladata, mert e témáról igen hosszan lehetne és kellene írni. Mi akár meg is elégedhetünk azzal a nem kismértékben irónikus, közhelyszerű megfogalmazással, miszerint „faj az, amit egy jó taxonómus annak tart”. Komolyra fordítva a szót, a fajok elhatárolásáról azért érdemes annyit megjegyezni, hogy annál nehezebb dolgunk van, minél „inkább” aktív a vizsgált csoport evolúciós értelemben. Ilyen csoport pedig bőven van a zöld növények körében is.

2²        A zoológiai gyakorlat ettől egyébként eltér, mert az eredeti szerző nevének zárójelbe helyezésével mutatja a változást, míg az áthelyező kutató neve háttérben marad.

3³        A zoológiából ismerek olyan eseteket, hogy a széthasogatás eredményeképpen a rokon fajok mindegyike külön génuszba került. Ez a felfogás voltaképpen semmi újjal se járul a taxonómia tudományához és a csoport ismeretéhez, s csak a nevek számát szaporítja.

4⁴        Megint egy összevetés a zoológiával. A magyar állattani szakirodalom ragaszkodik ahhoz, hogy a génuszt a „nem” szóval fordítsa, holott az — a tagadószón kívül — még a „szexus” megfelelője is, és harmadik jelentésű használata már értelemzavaró lehet. A nemzetség szót ugyanakkor a talán kevésbé lényeges tribusz kategóriának tartják fenn.

5⁵        A kódex részletesen foglalkozik a nemesített változatok és a hibridek elnevezésével is.

6⁶        Holotípus nélkül a fajleírás érvénytelen. Hiába nevezték el tehát a lochnessi szörnyet Nessiteras rhombopteryxnek, a bizonyító példány nélkül ennek nincs semmi jelentősége a rendszertan szempontjából. Érdekes módon a Homo sapiens holotípusát csak 1993-ban választotta ki és írta le R. Bakker, így attól fogva E. D. Cope paleontológus koponyája az ember típuspéldánya (s ezt a zoológiai kódex el is fogadta).

7⁷        Sőt mi több, a gombák filogenetikailag relatíve igen közel állanak az állatokhoz, lásd pl. Baldauf és mtsai. 2000).

8⁸        A prokarióta organizmusok elnevezésének megkönnyítésére és szabályozására készült el az International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICSP, 1980). Ez nem engedi meg, hogy már meglévő állat- vagy növénynevet

9⁹        Nem néztem pontosan utána, hogy valamelyik nevet időközben érvénytelenítették-e.

10¹⁰        A nevek átfedése a magyar nyelvtől sem teljesen idegen. Például a füzike szó az Epilobium növénynemzetség mellett a Phylloscopus madár génusz magyar neve is egyben.

Created by XMLmind XSL-FO Converter.