Defining kir and hla class I genotypes at Highest Resolution via High-Throughput Sequencing

3DL2*090

(LN649147),

3DL2*097

(KP784303),

3DL2*091

(LN649148), 3DL2*096 (LN649157), 3DL2*092 (LN649151),

3DL2*00704 (LN606764), 3DL2*01004 (KP784304), 3DP1*01002

(KP893537), 3DP1*015 (KP893538), 3DL2*108 (LN999781),

3DL2*107

(LN999782),

3DL2*104

(LN999783),

3DL2*109

(LN999784), 3DL2*00602 (LN999785), 3DL2*106 (LN999786),

3DL2*04302

(LN999787), 3DL2*00709 (LN999788), 3DL2*

01004

(LN999790),

3DL2*103

(LN999791),

3DL2*01902

(LN999792), 3DL2*021 (LN999793), 3DL2*07902 (LN999794),

3DL2*06002 (LN999795), 3DL2*105 (LN999796), 3DL2*00109

(LN999797), 3DL2*10002 (LN999798), 2DL1*032N (KP893536),

2DL3*034 (KP784272), 2DL5A*021 (KP784273), 2DP1*00203

(KP784307), 2DP1*00204 (KP784309), 2DP1*015 (KP784306),

2DP1*016

(KP784275),

2DP1*017

(KP784308),

2DP1*018

(KP784274), 2DP1*019 (KP784310), 2DS3*008 (KP784269),

2DS5*015 (KP784270), 2DS5*016 (KP784271), HLA-C*01:02:30

(KP893072), and HLA-C*07:18 (KP893073).

Supplemental Data

Supplemental Data include four figures and four tables and can be

found with this article online at

http://dx.doi.org/10.1016/j.ajhg.

2016.06.023

.

Conflicts of Interest

S.N. and M.R. are employees of Illumina.

Acknowledgments

This study was supported by US NIH grants U01 AI090905, R01

GM109030, R01 AI17892, and U19 AI119350.

Received: January 30, 2016

Accepted: June 23, 2016

Published: August 4, 2016

Web Resources

1000 Genomes,

http://www.1000genomes.org

Coriell Biorepository,

https://catalog.coriell.org/

FASTX-Toolkit,

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/

GenBank,

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

GenDx NGSengine,

http://www.gendx.com/products/ngsengine

Haplo Stats,

http://www.mayo.edu/research/labs/statistical-genetics-

genetic-epidemiology/software

Immuno Polymorphism Database (IPD),

http://www.ebi.ac.uk/ipd/

International Histocompatibility Working Group (IHWG),

http://

www.ihwg.org/

OMIM,

http://www.omim.org/

PING executable R files,

https://github.com/wesleymarin/

PING scripts,

https://web.stanford.edu/~n0rmski/projectH/

R statistical software,

http://www.r-project.org/

UCSC Genome Browser,

http://genome.ucsc.edu

References

1.

Horton, R., Wilming, L., Rand, V., Lovering, R.C., Bruford,

E.A., Khodiyar, V.K., Lush, M.J., Povey, S., Talbot, C.C., Jr.,

Wright, M.W., et al. (2004). Gene map of the extended human

MHC. Nat. Rev. Genet. 5, 889–899

.

2.

Trowsdale, J., and Knight, J.C. (2013). Major histocompatibil-

ity complex genomics and human disease. Annu. Rev. Geno-

mics Hum. Genet. 14, 301–323

.

3.

Zinkernagel, R.M., and Doherty, P.C. (1974). Restriction of

in vitro T cell-mediated cytotoxicity in lymphocytic chorio-

meningitis within a syngeneic or semiallogeneic system. Na-

ture 248, 701–702

.

4.

Vivier, E., Raulet, D.H., Moretta, A., Caligiuri, M.A., Zitvogel,

L., Lanier, L.L., Yokoyama, W.M., and Ugolini, S. (2011).

Innate or adaptive immunity? The example of natural killer

cells. Science 331, 44–49

.

5.

Campbell, K.S., and Purdy, A.K. (2011). Structure/function of

human killer cell immunoglobulin-like receptors: lessons

from polymorphisms, evolution, crystal structures and muta-

tions. Immunology 132, 315–325

.

6.

Pyo, C.W., Guethlein, L.A., Vu, Q., Wang, R., Abi-Rached, L.,

Norman, P.J., Marsh, S.G., Miller, J.S., Parham, P., and

Geraghty, D.E. (2010). Different patterns of evolution in the

centromeric and telomeric regions of group A and B haplo-

types of the human killer cell Ig-like receptor locus. PLoS

ONE 5, e15115

.

7.

McLaren, P.J., and Carrington, M. (2015). The impact of host

genetic variation on infection with HIV-1. Nat. Immunol.

16, 577–583

.

8.

Ahn, R.S., Moslehi, H., Martin, M.P., Abad-Santos, M., Bow-

cock, A.M., Carrington, M., and Liao, W. (2016). Inhibitory

KIR3DL1 alleles are associated with psoriasis. Br. J. Dermatol.

174, 449–451

.

9.

Mancusi, A., Ruggeri, L., Urbani, E., Pierini, A., Massei, M.S.,

Carotti, A., Terenzi, A., Falzetti, F., Tosti, A., Topini, F., et al.

(2015). Haploidentical hematopoietic transplantation from

KIR ligand-mismatched donors with activating KIRs reduces

nonrelapse mortality. Blood 125, 3173–3182

.

10.

Hollenbach, J.A., Pando, M.J., Caillier, S.J., Gourraud, P.A., and

Oksenberg, J.R. (2016). The killer immunoglobulin-like recep-

tor KIR3DL1 in combination with HLA-Bw4 is protective

against multiple sclerosis in African Americans. Genes Im-

mun. 17, 199–202

.

11.

Parham, P., and Moffett, A. (2013). Variable NK cell receptors

and their MHC class I ligands in immunity, reproduction

and human evolution. Nat. Rev. Immunol. 13, 133–144

.

12.

Jiang, W., Johnson, C., Jayaraman, J., Simecek, N., Noble, J.,

Moffatt, M.F., Cookson, W.O., Trowsdale, J., and Traherne,

J.A. (2012). Copy number variation leads to considerable

diversity for B but not A haplotypes of the human KIR

genes encoding NK cell receptors. Genome Res. 22, 1845–

1854

.

13.

Norman, P.J., Abi-Rached, L., Gendzekhadze, K., Hammond,

J.A., Moesta, A.K., Sharma, D., Graef, T., McQueen, K.L.,

Guethlein, L.A., Carrington, C.V., et al. (2009). Meiotic recom-

bination generates rich diversity in NK cell receptor genes,

alleles, and haplotypes. Genome Res. 19, 757–769

.

14.

Wilson, M.J., Torkar, M., Haude, A., Milne, S., Jones, T., Sheer,

D., Beck, S., and Trowsdale, J. (2000). Plasticity in the organi-

zation and sequences of human KIR/ILT gene families. Proc.

Natl. Acad. Sci. USA 97, 4778–4783

.

15.

Robinson, J., Halliwell, J.A., Hayhurst, J.D., Flicek, P., Parham,

P., and Marsh, S.G. (2015). The IPD and IMGT/HLA database:

allele variant databases. Nucleic Acids Res. 43, D423–D431

.

16.

Norman, P.J., Hollenbach, J.A., Nemat-Gorgani, N., Gueth-

lein, L.A., Hilton, H.G., Pando, M.J., Koram, K.A., Riley,

E.M., Abi-Rached, L., and Parham, P. (2013). Co-evolution of

388

The American Journal of Human Genetics 99, 375–391, August 4, 2016

---