Mavzu : Biologik ketma-ketliklarni ma`lumotlar bazalari bo`yicha taqqoslanishi uchun dasturlar

UniProt ma'lumotlar bazalarini tashkil etish
UniProt to'rtta asosiy ma'lumotlar bazasini taqdim etadi: UniProtKB (Swiss-Prot va TrEMBL kichik qismlari bilan), UniParc, UniRef.

UniProtKB 

UniProt ma'lumotlar bazasi (UniProtKB) ikki bo'limdan iborat bo'lgan qisman mutaxassislar tomonidan tuzilgan oqsil ma'lumotlar bazasi: UniProtKB/Swiss-Prot (ko'rib chiqilgan, qo'lda izohlangan yozuvlarni o'z ichiga oladi) va UniProtKB/TrEMBL (ko'rib chiqilmagan, avtomatik izohlangan yozuvlarni o'z ichiga oladi). 2014 yil 19 mart holatiga ko'ra "UPROTKB" / Shveytsariya himoyaidagi "2014_03" ketma-ketligi mavjud (193,019 802 Amintikadan iborat). kislotalar). 

UniProtKB/Swiss-Prot 

UniProtKB/Swiss-Prot qo'lda izohlangan, ortiqcha bo'lmagan oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi. U ilmiy adabiyotlardan olingan ma'lumotlarni va biokurator tomonidan baholangan hisoblash tahlilini birlashtiradi. UniProtKB/Swiss-Prot dasturining maqsadi ma'lum bir protein haqida barcha ma'lum tegishli ma'lumotlarni taqdim etishdir. Ilmiy topilmalar bilan tanishish uchun izohlar muntazam ravishda ko'rib chiqiladi. Yozuvning qo'lda annotatsiyasi oqsil ketma-ketligini va ilmiy adabiyotlarni batafsil tahlil qilishni o'z ichiga oladi. 
Xuddi shu gen va bir xil turdagi ketma-ketliklar bir xil ma'lumotlar bazasiga birlashtiriladi. Ketma-ketliklar orasidagi farqlar aniqlanadi va ularning sabablari hujjatlashtiriladi (masalan , muqobil birlashma , tabiiy o'zgarish , noto'g'ri boshlash joylari, noto'g'ri ekson chegaralari, ramka siljishi , noma'lum ziddiyatlar). UniProtKB/Swiss-Prot yozuvlari izohida ketma-ketlikni tahlil qilish vositalaridan foydalaniladi. Kompyuter prognozlari qo'lda baholanadi va tegishli natijalar yozuvga kiritish uchun tanlanadi. Ushbu bashoratlarga post-translational modifikatsiyalar, transmembran domenlari va topologiyasi kiradi .signal peptidlari , domen identifikatsiyasi va oqsillar oilasi tasnifi.
Tegishli nashrlar PubMed kabi ma'lumotlar bazalarini qidirish orqali aniqlanadi . Har bir maqolaning to'liq matni o'qiladi va ma'lumotlar chiqariladi va yozuvga qo'shiladi. Ilmiy adabiyotlardan kelib chiqadigan annotatsiya quyidagilarni o'z ichiga oladi, lekin ular bilan cheklanmaydi:
Tegishli nashrlar PubMed kabi ma'lumotlar bazalarini qidirish orqali aniqlanadi . Har bir maqolaning to'liq matni o'qiladi va ma'lumotlar chiqariladi va yozuvga qo'shiladi. Ilmiy adabiyotlardan kelib chiqadigan annotatsiya quyidagilarni o'z ichiga oladi, lekin ular bilan cheklanmaydi:

• 
  Protein va gen nomlari
  
• 
  Funktsiya
  
• 
  Katalitik faollik , kofaktorlar va katalitik qoldiqlar kabi fermentga xos ma'lumotlar
  
• 
  Hujayra osti joylashuvi
  
• 
  Protein-oqsil o'zaro ta'siri
  
• 
  Ifoda shakli
  
• 
  Muhim domenlar va saytlarning joylashuvi va rollari
  
• 
  Ion -, substrat - va kofaktor bilan bog'lanish joylari
  
• 
  Tabiiy genetik o'zgaruvchanlik, RNKni tahrirlash , muqobil qo'shilish, proteolitik ishlov berish va translatsiyadan keyingi modifikatsiya orqali hosil bo'lgan oqsil varianti shakllari