Computational Molecular Docking Models and Design of Diarylpentanoids for the Androgen Receptor

7.2.2
 
1-Click Docking ca27 Binding Pocket 
A new model had to be developed for the new ca27 pocket previously defined in the MolSoft 
results. Table 6 displays the binding affinities for this new pocket. In these results, DHT is not 
nearly as favorable to bind as compared to the previous model which is logical as it has a tendency 
to want to bind to the DHT binding pocket. We also see a notable uptick in the values for most of 
the various ca27 analogs. This fact coupled with the knowledge of DHT preferring to bind to the 
DHT binding pocket implies that the ca27 analogs will bind to this new ca27 binding pocket when 
in the presence of DHT. 
Table 6: 1-Click Docking Results for the ca27 Binding Pocket 

---

37 
Figure 19:
 
Docking Results for the various ligands in the LBD centered at the ca27 
binding pocket by 1-Click Docking. A is DHT. B is ca27. C is ca51. D is ca58. E is 
ca27 without MA. F is ca27 with OH groups. 
Figure 19 contains the various models run in 1-Click Docking centered at the new ca27 binding 
pocket. The pocket is outlined by the labeled residues determined during the MolSoft trials. DHT 
is seen binding as far away as the software will permit from this pocket whereas most of the ca27 
analogs are binding directly into the middle of the pocket, in particular, ca58 is binding extremely 
well in orientation to the ca27 binding pocket.
7.3
 
AutoLigand 
AutoLigand was used to design and test a new ligand with minimal specifications to the structure 
besides approximate volume and surface area. The stepwise process for AutoLigand was to prep 
the ligand binding area for analysis, which needed to be done with DHT. DHT was manually 
drawn as a 2-dimensional image and converted to a 3D .mol file then converted to a PDBQT file 
to upload to AutoDock by OpenBabel. Then the receptor needed to be configured. The receptor 

---

38 
was uploaded to AutoDock and manually edited (adding hydrogens, merging non-polar 
hydrogens, etc.) to be outputted as a PDBQT file. This PDBQT file was then used to create grid 
maps by first preparing gpf files and then outputting glg files to be used for AutoLigand.
Finally, AutoLigand is run using the functions previously discussed and outputs a PDB file of the 
best ligand given the minimal specifications.
Figure 20:
 
The outputted ligand from AutoLigand (left) and the binding of this new 
ligand to the AR LBD in MolSoft 
Figure 20 displays the new ligand outputted by AutoLigand. It is composed of 20 atoms 
containing, 1 carbon, 11 oxygens, and 8 hydrogens. When bounded to the AR LBD in MolSoft, it 
is apparent that this new ligand, which is more condensed than the previous ligands analyzed, does 
not bind to either of the pockets previously discussed. This is further corroborated by 1-Click 
Docking in figure 21 as this new ligand did not bind to either the DHT binding pocket nor the ca27 
binding pocket when centered at each respectively. This is seen as the yellow highlighted residues 

---

39 
outline the respective pockets, where the DHT binding pocket is in the foreground and the ca27 
binding pocket is in the background.
Figure 21:
 
The new ligand produced by AutoLigand bound in 1-Click Docking centered 
at the DHT binding pocket (left) and the ca27 binding pocket (right)

---

40