The platon crystallographic package

Example: setenv CHECKDEF /mnt/user/check.def 
The results of the validation can be found on the file '.chk' 
The preparation of a small shell script may be helpful. Below is an example of such a script 
that can be made available systemwide by placing it in /usr/local/bin 
#!/bin/csh
ln -sf /mnt/spea/acc/check.def
platon -u $1.cif
/usr/sbin/unlink check.def
less $1.chk 
The validation than runs for CIF sk1000.cif by: 
chk sk1000 
Example of a Validation Report
#===============================================================================
# PLATON/CHECK run versus check.def version of 08/02/00      for entry:  I      
# Data From: e60.cif - Data Type: CIF  
# CELL  1.54178  16.645  25.768   7.066   90.00   90.00   90.00   3030.70
# SpaceGroup P212121             Rep: P 21 21 21 
# MoietyFormula C34 H52 O4
#      Reported C34 H52 O4
# SumFormula C34 H52 O4   Rep: C34 H52 O4
# Mr        =    524.76[Calc],    524.76[Rep]
# Dx,gcm-3  =     1.150[Calc],     1.150[Rep]
# Z         =         4[Calc],         4[Rep]
# Mu (mm-1) =     0.568[Calc],     0.568[Rep]
# Reported   T limits: Tmin=0.940              Tmax=0.970 '\Y SCAN'      
# Calculated T limits: Tmin=0.815 Tmin'=0.797  Tmax=0.945
# Reported   Hmax= 20, Kmax= 31, Lmax=  8, Nref= 3292       , Th(max)= 70.01
# Calculated Hmax= 20, Kmax= 31, Lmax=  8, Nref= 3291( 5758), Ratio= 1.00( 0.57)
# R= 0.0463( 2929), wR2= 0.1367( 3292), S = 1.162, Npar= 347, Flack=-0.40( 4)   
#===============================================================================
>>> The Following ALERTS were generated <<<
052_ALERT A (proper) absorption correction method missing              
702_ALERT A Rep. Angle    174   Dev. from Calcd  110.00          5.00 Sigma     
702_ALERT A Rep. Angle    176   Dev. from Calcd  110.00          5.00 Sigma     
702_ALERT A Rep. Angle    177   Dev. from Calcd  109.00          5.00 Sigma     
702_ALERT A Rep. Angle    183   Dev. from Calcd  109.00          5.00 Sigma     
#===============================================================================
222_ALERT B Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) .       4.02 range    
#===============================================================================
032_ALERT C Std Uncertainty in Flack parameter too high ..       0.40          
033_ALERT C Flack Parameter value deviates from zero .....      -0.40          
057_ALERT C Correction for absorption required   RT(exp) =       1.16          
089_ALERT C Poor Data / Parameter ratio ..................       9.49          
220_ALERT C Large Non-Solvent    C     Ueq(max)/Ueq(min) .       3.23 range     
412_ALERT C Short intra XH3 .. XHn  :  H(242) ..  H(253) =       1.81 Ang.      
412_ALERT C Short intra XH3 .. XHn  :  H(251) ..  H(262) =       1.83 Ang.      
701_ALERT C Rep. Bond      61   Dev. from Calcd  0.9614          1.43 Sigma     
701_ALERT C Rep. Bond      81   Dev. from Calcd  0.9588          1.23 Sigma     
702_ALERT C Rep. Angle    167   Dev. from Calcd  109.40          1.03 Sigma     

---

ALERT Level Summary
  5 ALERT Level A = In General: Serious Problem
  1 ALERT Level B = Potentially Serious Problem
 10 ALERT Level C = Check & Explain
#===============================================================================

---

Chapter 9 - Ab-initio Structure Solution by Charge Flipping
The FLIPPER option in PLATON implements the Charge Flipping algorithm for ab-initio 
structure determination. This method was first introduced by Oszlanyi & Suto (2004, 2005) 
as an alternative structure determination procedure for high resolution (small molecule) 
structures. The required input consists of a SHELX style input file (name.ins) and a 
reflection file (name.hkl). Alternatively, a name.cif and a name.fcf can be supplied to test 
the potential of the program with a known structure. The data is the .hkl or .fcf are 
expanded to P1 on the basis of the Laue group of the structure that is derived from the 
symmetry information in the .ins or .cif). The program is started via the command line 
instruction platon name.ins or platon name.cif. 
A default Charge Flipping run (with 25 random phase starting points) is invoked by clicking 
on the FLIPPER entry on the main PLATON menu. The same operation is invoked directly 
from the command line with the instruction platon -Z name.ins or platon -Z name.cif. 
I
n 
the default mode, a sequence a random starting phase sets will be optimized until a stable 
solution is found with an R-value below 30 percent. The resulting peak list (on the file 
name_flp.res) is subsequently optimized (on file name_xor.res) with PLATON/EXOR 
and investigated for the correct space group (result in name_sol.res). The best solution 
name_res.res is displayed with the PLUTON link in PLATON (allowing for the deletion 
and/or renaming of atoms and thus producing a starting file for refinement with SHELXL on 
name_res.new). 
Alternatively, Charge Flipping is invoked with the keyboard instruction: 
FLIP ntry nloop nsolve delta perc Uiso
where: 
ntry is the number of trial random phase starts (default = 25).
nloop is the maximum number of flip cycles (default = 250,500,1000,2000).
nsolve is the number of attempted solutions before termination (default = 3)
delta is the fraction of the maximum density in the map below which the sign of the density 
is flipped (default = 0.02).
perc Percentage of reflections treated as weak for which the calculated phase is shifted by 
90 degrees. (default = 25)
Uiso is the value used in the expression exp(Uiso*8*pi**2*(sintheta/lambda)**2) as a 
multiplication factor for F(obs) (default = 0.02). 
Example of a non-default keyboard instruction: FLIP 10 50 3 0.02 5 0.02. 
Example of a name.ins file: 
TITL test
CELL 0.71073 10 11 12 80 90 100
ZERR 1 0.0001 0.001 0.001 0.01 0.01 0.01
SPGR P21/c
SFAC C H O
UNIT 20 24 12
HKLF 4 
As test files download 
flip.ins
 and 
flip.hkl
 or 
vitac.cif
 and 
vitac.fcf
 
Notes: 

---