The platon crystallographic package

1.3.6.15 - CIF FILE GENERATION (LOCAL)
Generation of CIF File to be completed by manual editing. The CIF contains additional 
local (Utrecht) data in Acta Cryst. C style. 
1.3.7.1 – SYSTEM-S – A Guided/Automatic Structure Determination Tool
Clicking on this button provides an easy pathway into SYSTEM S (Available only in 
LINUX and Mac OS X implementations), a build-in tool for the solution and refinement of 
routine crystal structures by providing easy access to various external software packages 
including SHELXS86, SHELXS97, SHELXD, SHELXL, SIR97, SIR2004 and DIRDIF. 
The management of input and output from the various programs is taken care of.
SYSTEM S needs as input a small information file (name.ins), and a reflection file 
(name.hkl). This option also allows for an easy pathway for the reinvestigation of a 
structure for which a name.cif and name.fcf  (or name.hkl) are supplied. (i.e. PLATON is 
invoked as platon name.cif with name.fcf accessible in the same directory.) Refinement 
results are in: ~user/s/name/tm/sg/shelxl. Final refinement can be taken-up from there. More 
details are given in Chapter 10.
Sub-menu #0 – (Section 1.4.17) – Main Options
Sub-menu #1 – (Section 1.4.18) – Sub1
Sub-menu #2 – (Section 1.4.19) – Sub2
1.3.7.2 - FCF2HKL – Create an HKLF4 Style File from an FCF Style File
A SHELXL HKLF 4 style reflection file is generated from an FCF styled Fo/Fc reflection 
files. This feature might be useful in combination with the CIF2RES conversion tool (i.e. 
the SHELXL-res PLATON menu option – Section 1.3.7.12) for data extracted from the 
IUCr ACTA CRYST supplementary material server in view of local evaluation studies. 
'FCF' styled data files are recognized as created with SHELXL, CRYSTALS, JANA, 
TEXSAN or MOLEN.
Invoke PLATON for compound name with PLATON name.cif. The associated reflection 
file should be available either as name.fcf or name.hkl. The PLATON opening menu will 
indicate whether both files are recognized. The data names for the compound in both CIF's 
should be identical. 
1.3.7.3 – Expand2P1 – Create an Expanded to P1 Parameter Set RES file
Clicking on EXPAND-P1 will generate a RES structured file containing the expanded set 
of atoms in the unit cell based on the set of supplied atoms and space group symmetry. The 
input file can be a .ins, .cif or .spf. The new file has extension .rp1.
1.3.7.4 – FCF-GENER – Create an FCF style File from Cell Content Data 
This tool should be useful (and used !) only for software testing and software development.
Tool for the ab-initio generation of a SHELXL-97 'List 4' style FCF file based on the cell, 
space group, coordinate and  displacement parameter data supplied in a .spf, .res or .cif. The 
'Fobs' and 'Fcalc' in this file (with extension .hkp) are necessarily equal to Fcalc as 

---

calculated from the supplied data. The wavelength of CuKa (= 1.5418 Angstrom) is 
assumed when none is given in the .spf, .res or .cif.  The alternative Keyboard Instruction: 
CALC FCF GENERATE 
Warning: This option should not be confused with the CALC FCF option (Section 1.3.3.4) 
to produce a SHELXL-97 'List 4' style from a '.res' and a '.hkl' file (Generally needed after a 
SQUEEZE based refinement to reinstall the original I(obs) and add the solvent contribution 
to I(calc)). 
1.3.7.5 – HKL-GENER – Create a SHELXL HKLF 4 Style Reflection File.
T
his tool should be useful (and used !) only for software testing and software development.
Tool for the ab-initio generation of an artificial h, k, l, Fo**2, Sig(Fo**2) file based on the 
supplied cell, space group, coordinate and displacement parameter data (E.g. taken from the 
literature). Artificial sigma(I)'s are added and calculated as Sig(Fo**2) = SQRT(Fo**2) + 
0.02 * (Fo**2). The alternative keyboard instruction: ASYM (AVF) GENERATE. Data are 
generated within the 'Copper Sphere' (i.e. sin(theta)/lambda = 1.0/1.5418 Angstrom
-1
). To set 
the resolution to 0.6 Angstrom
-1
: issue the command SET PAR 287 0.6 before invoking 
ASYM. The AVF keyword determines whether or not for non-centrosymmetric space 
groups the Friedel related reflections will be averaged (i.e. for monoclinic P2
1
 half a sphere 
of data or one quarter sphere is created). Reflections (SHELXL HKLF 4 format) are written 
to a file with extension .hkp. 
1.3.7.6 – HKL-Transf - Transformation of SHELXL HKLF4 + Direction Cosines
This tool can be used to create a new HKL file with transformed indices including 
transformed direction cosines. It is generally advised not to touch the original SHELX 
reflection file with a transformation matrix, thus avoiding unnecessary chaos, unless for a 
good reason. SHELX generally avoids the need to transform the reflection data with the 
useful option to supply a transformation matrix on the HKLF4 line. That matrix should then 
transform the reflection data as part of the SHELXL calculations to the setting represented 
by the cell and symmetry information in the .ins. However, there might be cases where a 
'hard' transformation is needed. PLATON provides a tool (the HKLT option) for such a 
transformation. The following example illustrates the procedure: 
1. Two files are needed to apply the transformation: 
2.
compound.hkl : the reflection file (SHELX HKLF 4 - STYLE) 
3.
compound.ins : A short instruction file 
4.
Example: transformation from P21/c to P21/n : (1 0 1/0 1 0/ -1 0 0) 
5. Two equivalent sets of instructions accomplish the transformation. 
6. Using transformation matrix TRMX 
7. Using transformation matrix on HKLF line 
  TITL N1848A
  CELL 0.71073 22.1829 9.1517 10.6597 90.0 105.758 90.0
  SPGR P21/n
  HKLF 4 1   1 0 1 0 1 0 -1 0 0
  HKLT 

---