Pozycja planu: c 6

Pozycja planu: C.1.6

Nazwa przedmiotu	Genomika i proteomika roślin
Poziom studiów	studia II stopnia
Forma studiów	studia stacjonarne
Jednostka prowadząca kierunek studiów	Wydział Rolnictwa i Biotechnologii
Kierunek	Biotechnologia
Specjalność	Agrobiotechnologia
Przedmiot/y wprowadzający/e	Genetyka, Cytogenetyka, Biologia molekularna, Inżynieria genetyczna
Wymagania wstępne	Znajomość podstawowych zagadnień z genetyki, cytogenetyki, biologii molekularnej, inżynierii genetycznej

Semestralny rozkład zajęć według planu studiów

Semestr	Wykłady	Ćwiczenia audytoryjne	Ćwiczenia laboratoryjne	Ćwiczenia projektowe	Seminaria	Zajęcia terenowe	Liczba punktów
	(W)	(Ć)	(L)	(P)	(S)	(T)	ECTS
III	15^E		30				4

Założenia i cele przedmiotu Po ukończeniu przedmiotu student ma orientować się w aktualnym stanie wiedzy z zakresu analizy struktury, funkcji i ewolucji genomów roślinnych. Ma też nabyć umiejętności posługiwania się narzędziami badawczymi wykorzystywanymi do analizy genomu oraz znać zagadnienia związane z ochroną roślinnych zasobów genowych.

Metody dydaktyczne ćwiczenia laboratoryjne, wykłady multimedialne

Forma i warunki zaliczenia przedmiotu kolokwium, egzamin pisemny

Treści kształcenia

Wykłady Techniki mapowania genomów (mapy fizyczne, genetyczne, restrykcyjne), genomika funkcjonalna (poznanie funkcji genów w genomie; techniki analizy ekspresji genów i ich wygaszania), genomika strukturalna (struktura genomów, techniki analizy mutacji pojedynczego nukleotydu), genomika teoretyczna (ogólne prawa rządzące genomami), genomika porównawcza (ewolucja genomów; filogenetyka molekularna), genomika indywidualnych różnic (zmienność międzyosobnicza genomów tego samego gatunku), ochrona roślinnych zasobów genowych. Elementy proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki. Inżynieria białkowa w biotechnologii.

Ćwiczenia Wyszukiwanie informacji w biologicznych bazach danych. Porównywanie sekwencji DNA (programy BLAST, Clustal). Projektowanie starterów do reakcji PCR, analiza restrykcyjna, dobór enzymów do PCR-RFLP. Analiza sekwencji DNA (wyszukiwanie genów, promotorów, miejsc splicingu, wysp CG, znajdowanie potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych). Analiza sekwencji aminokwasowej – wyszukiwanie domen, modelowanie struktury białek. Porównanie sekwencji białek.

Nazwisko (a) osoby prowadzącej (cych) lub odpowiedzialnej (ych) za realizację przedmiotu prof. dr hab. inż. Elwira Śliwińska, dr inż. Iwona Jędrzejczyk, mgr inż. Monika Rewers

Literatura

Literatura podstawowa T. A. Brown. Genomy. PWN, Warszawa 2009 S.B. Primrose. Zasady analizy genomu. WNT, Warszawa 1999 W.M. Karłowski. Genomy roślinne: wybrane metody poznania i analizy. Wydawnictwo Naukowe UAM, Poznań 2006 P. G. Higgs, T. K. Attwood. Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa 2008 źródła internetowe

Literatura uzupełniająca J.D. Watson, A. Berry. DNA. Tajemnica życia. Wydawnictwo W.A.B. Warszawa 2005 J. Buchowicz. Biologia molekularna. PWN, Warszawa 2007 A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette. Bioinformatyka. PWN, Warszawa 2005 J.D. Watson, M. Gilma, J. Witkowski, M. Zollem. Recombinant DNA. Scientific American Books 1996