Erix Wiliam Hernández-Rodríguez


Ernst, O.P.; Gramse V.; Kolbe, M.; Hofmann, K.P.; Heck, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 10859



Yüklə 3,6 Mb.
səhifə3/3
tarix29.09.2018
ölçüsü3,6 Mb.
#71266
1   2   3

Ernst, O.P.; Gramse V.; Kolbe, M.; Hofmann, K.P.; Heck, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 10859.


  • Menon, S. T.; Han, M.; Sakmar, T. P. Physiol. Rev. 2001, 81, 1659.

  • Hubbard, R. Nature 1969, 221, 432.

  • Bravaya, K.; Bochenkova, A.; Granovsky, A.; Nemukhin, A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13035.

  • Röhrig, U. F.; Guidoni, L.; Rothlisberger, U. Biochemistry 2002, 41, 10799.

  • Okada, T.; Ernst, O. P.; Palczewski, K.; Hofmann, K. P. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 318.

  • McBee, J. K.; Palczewski, K.; Baehr, W.; Pepperberg, D. R. Prog. Retin. Eye Res. 2001, 20, 469.

  • Altun, A.; Yokoyama, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. B. 2008, 112, 6814.

  • Retina International’s Scientific Newsletter: Databank of the International Retinitis Pigmentosa Association (IRPA). Available online at http://www.retina-international.com/sci-news/rhomut.

  • Janz, J. M.; Fay, J. F.; Farrens, D. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 16982.

  • Kaushal, S.; Khorana, H. G. Biochemistry 1994, 33, 6121.

  • Ridge, K. D.; Ngo, T.; Lee, S. S. J.; Abdulaev, N. G. J. Biol. Chem. 1999, 274, 21437.

  • Breikers, G.; Portier-VandeLuytgaarden, M.J.M.; Bovee-Geurts, P.H.M.; DeGrip, W.J. Biochem. Biophys. Res. Comm. 2002, 297, 847.

  • Hwa, J.; Reeves, P.J.; Klein-Seetharaman, J.; Davidson, F.; Gobind-Khorana H. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, 96, 1932.

  • Jager, S.; Han, M.; Lewis, J.W.; Szundi, I.; Sakmar, T.P.; Kliger, D.S. Biochemistry 1997, 36, 11804.

  • Del Valle, L.J.; Ramón, E.; Bosch, L.; Manyosa, J.; Garriga, P. Cell Mol. Life Sci. 2003, 60, 2532.

  • Andrés, A.; Garriga, P.; Manyosa, J. Biochem. Biophys. Res. Comm. 2003, 303, 294.

  • Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A.N.; Elstner, M.; Entel, P.; Volker, B. J. Mol. Biol. 2004, 342, 571.

  • Altun, A.; Yokoyama, S.; Morokuma, K. Photochem. Photobiol. 2008, 84, 845.

  • Rodríguez, R.; Chinea, G.; López, N.; Pons, T.; Vriend, G. Bioinformatics 1998, 14, 523.


  • Van der Kamp, M.W.; Shaw, K. E.; Woods, C. J.; Mulholland, A. J. J. R. Soc. Interface 2008, 5, S173.

  • Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 1198.

  • Luis Serrano, L.A.; Manuela, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2005, 729, 99.

  • Iannaccone, A.; Man, D.; Waseem, N.; Jennings, B.J.; Ganapathiraju, M.; Gallaher, K.; Reese, E.; Bhattacharya S. S.; Klein-Seetharaman, J. Vision Research 2006, 46, 4556.

  • Aguilà, M.; Toledo, D.; Morillo, M.; Dominguez, M.; Vaz, B.; Alvarez, R.; R. de Lera, A.; Garriga, P. Photochem. Photobiol. 2009, 85, 485.

  • Felline, A.; Seeber, M.; Rao, F.; Fanelli, F. J. Chem. Theory Comput. 2009, DOI 10.1021/ct900145u.

  • Liu, M.Y.; Liu, J.; Yan, E.C.Y. 36th NERM of the Am. Chem. Soc. 2009, 326.

  • Padrón, J.A.; Crespo, R.; Hernández, E.W.; Garriga, P.; Montero, L.A.; García, J.C. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2004, 57, 392.

  • Rakoczy, E.P.; Kiel, C.; McKeone, R.; Stricher, F.; Luis Serrano, L. J. Mol. Biol. 2011, 405, 584.

  • Coto, P.B.; Strambi, A.; Nicolas Ferré, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006, 103, 17154.

  • Altun, A.; Yokoyama, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 16883.

  • Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodel, P.; Koslowski, A.; Thiel, W.; Neese, F.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3606.

  • Senn, H.P.; Thiel, W. Top. Curr. Chem. 2007, 268, 173.

  • PROTEIN DATA BANK (PDB). Available online at http://www.pdb.org.

  • Kaushal, S.; Ridge, K.D.; Khorana, H.G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994, 91, 4024.

  • Šali, A.; Blundell, T.L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779.

  • Li, H.; Robertson, A. D.; Jensen, J. H. Proteins: Struct. Funct. Bioinf. 2005, 61, 704.

  • Chen, C.; Jiang, Y.; Koutalos, Y. Biophys. J. 2002, 83, 1403.

  • Fahmy, K.; Jäger, F.; Beck, M.; Zvyaga, T. A.; Sakmar, T. P.; Siebert, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 10206.

  • Yan, E. C. Y.; Kazmi, M. A.; De, S.; Chang, B. S. W.; Seibert, C.; Marin, E. P.; Mathies, R. A.; Sakmar, T. P. Biochemistry 2002, 41, 3620.

  • Birge, R. R.; Murray, L. P.; Pierce, B. M.; Akita, H.; Balogh-Nair, V.; Findsen, L. A.; Nakanishi, K. Proc. Natl.Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 4117.

  • Sekharan, S.; Volker, Buss. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17220.

  • Mollevanger, L. C.; Kentgens, A. P.; Pardoen, J. A.; Courtin, J. M.; Veeman, W. S.; Lugtenburg, J.; and De Grip, W. J. Eur. J. Biochem. 1987, 163, 9.

  • Han, M.; Smith, S. O. Biochemistry 1995, 34, 1425.

  • Frähmcke, J.S.; Wanko, M.; Phatak, P.; Mroginski, M.A.; Elstner, M. J. Phys. Chem. B 2010, DOI 10.1021/jp104537w.

  • Cai, K.; Klein-Seetharaman, J.; Farrens, D.; Zhang, C.; Altenbach, C.; Hubbell, W.L.; Khorana, H.G. Biochemistry 1999, 38, 7925.

  • Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Molec. Graphics 1996, 14, 33.

  • Phillips, J.C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.

  • Bowie, J.U.; Lüthy. R.; Eisenberg, D.A. Science 1991, 253, 164.

  • Laskowski, R.A.; MacArthur, M.W.; Moss, D.; Thornton, J.M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283.

  • Hooft, R.W.; Vriend, G.; Sander, C.; Abola, E.E. Nature 1996, 381, 272.

  • Fong, S. L.; Tsin, A. T.; Bridges, C. D.; Liou, G. I. Methods Enzymol. 1982, 81, 133.

  • Saam, J.; Tajkhorshid, E.; Hayashi, S.; Schulten, K. Biophys. J. 2002, 83, 3097.

  • Solvate 1.0. Available online at http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/

    downloads/solvate/index.html.

    1. Essman, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T. A.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-93.

    2. Babitzki, G.; Denschlag, R.; Tavan, P. J. Phys. Chem. B 2009, DOI 10.1021/jp902428x.

    3. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.

    4. MacKerell, A. D.; Brooks, B.; Brooks III, C. L.; Nilsson, L.; Roux, B.; Won, Y.; Karplus, M. In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P., Ed.; Wiley: Chicester, UK, 1998; pp 271.

    5. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comp. Phys. 1977, 23, 327.

    6. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elsner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 58, 7260.

    7. Frauenheim, T.; Seifert, G.; Elstner, M.; Niehaus, T.; Kohler, C.; Amkreutz, M.; Sternberg, M.; Hajnal, Z.; Di Carlo, A.; Suhai, S. J. Phys. 2002, 14, 3015.

    8. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569.

    9. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5454.

    10. Stote, R. H.; States, D. J.; Karplus, M. J. Chim. Phys. Phys.-Chim. Biol. 1991, 88, 2419.

    11. Chemshell, a Computational Chemistry Shell (www.chemshell.org).

    12. Sherwood, P.; de Vries, A. H.; Guest, M. F.; Schreckenbach, G.; Catlow, C. R. A.; French, S. A.; Sokol, A. A.; Bromley, S. T.; Thiel, W.; Turner, A. J.; Billeter, S.; Terstegen, F.; Thiel, S.; Kendrick, J.; Rogers, S. C.; Casci, J.; Watson, M.; King, F.; Karlsen, E.; Sjovoll, M.; Fahmi, A.; Schafer, A.; Lennartz, C. THEOCHEM 2003, 632, 1.

    13. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.

    14. Smith, W.; Forester, T. R. J. Mol. Graphics 1996, 14, 136.

    15. Dirac, P. A. M. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1929, 123, 714.

    16. Slater, J. C. Phys. Rev. A 1951, 81, 385.

    17. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.

    18. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. () Phys. Rev. B 1988, 37, 785.

    19. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.

    20. Bakowies, D.; Thiel, W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580.

    21. de Vries, A. H.; Sherwood, P.; Collins, S. J.; Rigby, A. M.; Rigutto, M.; Kramer, G. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 6133.

    22. Antes, I.; Thiel, W. ACS Symp. Ser. 1998, 712, 50.

    23. Billeter, S. R.; Turner, A. J.; Thiel, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2177.

    24. Grimme, S.; Waletzke, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5645.

    25. Levine, B.G.; Ko, C.; Quenneville, J.; Martínez, T.J. Molec. Phys. 2006, 104, 1039.

    26. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372.

    27. Gerenkamp, M. Entwicklung und Anwendung quantenchemischer Methoden zur Berechnung komplexer chemischer Systeme. Ph. D. Thesis, Universität Münster, 2005.

    28. Parac, M.; Doerr, M.; Marian, C. M.; Thiel, W. J. Comp. Chem. 2009, DOI 10.1002/jcc.21233.

    29. Silva-Junior, M. R.; Schreiber, M.; Sauer, S. P. A.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2008, 129, 104103.

    30. MacKerell, Jr., A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack Jr., R.L.; Evanseck, J.D.; Field, M.J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F.T.K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D.T.; Prodhom, B.; Reiher, III, W.E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.

    31. Schlenkrich, M.; Brickmann, J.; MacKerell, Jr., A.D.; Karplus, M. () Empirical potential energy function for phospholipids: criteria for parameter optimization and applications, in Biological Membranes: A Molecular Perspective from Computation and Experiment, K.M. Merz and B. Roux, Eds. Birkhauser, Boston, 1996; pp31.

    32. Yin, D.; MacKerell, Jr. A.D. J. Comput. Chem. 1998, 19, 334.

    33. Feller, S.E.; Yin, D.; Pastor, R.W.; MacKerell, Jr., A.D. Biophys. J. 1997, 73, 2269.

    34. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.

    35. CHARMM Library. Available online at http://www.charmm.org.

    36. SPSS statistical software. Available online at http://www.spss.com.

    37. Huber, T.; Botelho, A. V.; Beyer, K.; Brown, M.F. Biophys. J. 2004, 86, 2078.

    38. Liu, J.; Liu, M.Y.; Nguyen, J.B.; Bhagat, A.; Mooney, V.; Yan, E.C.Y. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 8750.

    39. Kelly, J. W.; Balch, W. E. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 224.

    40. Connelly, S.; Choi, S.; Johnson, S. M.; Kelly, J. W.; Wilson, I. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 54.

    41. Gascon, J.A.; Batista, V.S. Biophys. J. 2004, 87, 2931.

    42. Röhrig, U.F.; Guidoni, L.; Rothlisberger, U. Chem. Phys. Chem. 2005, 6, 1836.

    43. Röhrig, U.F.; Guidoni, L.; Laio, A.; Frank, I.; Rothlisberger, U. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15328.

    44. Tsutsui, K.; Imai, H.; Shichida, Y. Biochemistry 2007, 46, 6437.

    45. Hufen, J.; Sugihara, M.; Buss, V. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20419.

    46. Tavan, P.; Schulten, K.; J. Chem. Phys. 1986, 85, 6602.

    47. Sekharan, S.; Sugihara, M.; Buss, V. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 269.

    48. Hoffmann, M.; Wanko, M.; Strodel, P.; König, P.H.; Frauenheim, T.; Schulten, K.; Thiel, W.; Tajkhorshid, E.; Elstner, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10808.

    49. Ala-Laurila, P.; Donner, K.; Koskelainen, A. Biophys. J. 2004, 86, 3653.

    Yüklə 3,6 Mb.

    Dostları ilə paylaş:
    • 1   2   3



    Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©www.genderi.org 2024
    rəhbərliyinə müraciət
        Ana səhifə
    Psixologiya