Teleiletişim ve Enformatik Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi

VII-MERKEZDE SÜRDÜRÜLEN PROJELER VE RAPOR DÖNEMİNDE TAMAMLANAN PROJELER
Proje Adı : COST 1303 AAPELE

Yürütücüsü : Cem Ersoy

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Topluluğu (COST)

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : FP7 UBIHEALTH

Yürütücüsü : Cem Ersoy

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Topluluğu (COST)

Başlangıç Yılı : 2013

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Kesintisiz Aktivite İzleme

Yürütücüsü : Cem Ersoy

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : H 2020 AFFEC TECH

Yürütücüsü : Cem Ersoy

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Topluluğu

Başlangıç Yılı : 2016

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : COST IC 1106 Integrating Biometrics and Forensics for the

Digital Age

Yürütücüsü : Lale Akarun

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Topluluğu (COST)

Başlangıç Yılı : 2011

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : SANTEZ Project: Sign-Based İnterface for Health and

Banking Applications

Yürütücüsü : Lale Akarun

Destekleyen Kuruluşlar : Sanayi Bakanlığı (SANTEZ)

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : COST Action: Semantic Keyword-based Search on Structured

Data Sources (KEYSTONE)

Yürütücüsü : Burak Acar

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Topluluğu (COST)

Başlangıç Yılı : 2012

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Nörolojik/Psikiyatrik Hastalıklarda Bütünleşik Ağ

Modellemesi ve Alzheimer Hastalığına Uygulanması

Yürütücüsü : Burak Acar

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Accelerator Design for in-Memory Databases

Yürütücüsü : Arda Yurdakul

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Theoretical and Experimental Investigation of Effect of

Coolant Properties on Cooling Capacity of Computer Liquid

Cooling Systems

Yürütücüsü : Hakan Ertürk

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Player Profiling and Communication Analysis for Player

Complaints in Social Network Based Games

Yürütücüsü : Albert Ali Salah

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Eylem Tabanlı Kitle Kaynaklı Algılama

Yürütücüsü : Özlem Durmaz İncel

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2013

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Mobil Algılayıcı Verisi ile Bağlam Tanıma

Yürütücüsü : Özlem Durmaz İncel

Destekleyen Kuruluşlar : Galatasaray Üniversitesi, BAP

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Sosyal Yazılımlar için Ontoloji Tabanlı Mahremiyet Yönetimi

Yürütücüsü : Pınar Yolum Birbil

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2013

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Contextual Text Mining from the Biomedical Scientific

Literature

Yürütücüsü : Arzucan Özgür

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Birliği, FP7 Marie Curie Career Integration Grant

Başlangıç Yılı : 2012

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Sosyal Medya Metinlerinde Varlık Isimlerinin Tanınması ve
Hashtag Ayrıstırılması

Yürütücüsü : Arzucan Özgür

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Parkinson Hastalığı Hafif Kognitif Bozukluğu için

Multimodal Manyetik Rezonans Görüntüleme Temelli

Biyoişaretleyicileri Belirlenmesi

Yürütücüsü : Esin Öztürk Işık

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Kronik Karaciğer Yetmezliğinde Manyetik Rezonans

Spektroskopik Düzenleme Yöntemleri ile İnsan Beyin

Dokusu Metabolizmasının in-vivo İncelenmesi

Yürütücüsü : Esin Öztürk Işık

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : IARPA Babel Program (IBM Subcontract)

Yürütücüsü : Murat Saraçlar

Destekleyen Kuruluşlar : IARPA/IBM

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor

Proje Adı : COSTTD1210

Yürütücüsü : Haluk Bingol

Destekleyen Kuruluşlar : Avrupa Topluluğu (COST)

Başlangıç Yılı : 2015

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Finding Robust Representations for Financial Time Series

Modeling Using Machine Learning Approaches

Yürütücüsü : Mustafa Gökçe Baydoğan

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Molecular Communications

Yürütücüsü : Tuna Tuğcu

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2012

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Enhanced Ensemble Mechanisms for Time Series Data

Mining

Yürütücüsü : Mustafa Gökçe Baydoğan

Destekleyen Kuruluşlar : BAP

Başlangıç Yılı : 2014

Durumu : Devam Ediyor
Proje Adı : Developing an Adaptive Question Answering System

Enabling Primary and Secondary Education Students

Accessing Accurate and Reliable Information (İlköğretim ve

Ortaöğretim Öğrencilerinin Doğru ve Güvenilir Bilgiye

Erişimlerine Yönelik Uyarlamalı Bir Soru Cevaplama

Sisteminin Geliştirilmesi)

Yürütücüsü : Tunga Güngör

Destekleyen Kuruluşlar : TÜBİTAK

Başlangıç Yılı : 2013

Durumu : Devam Ediyor
VIII-MERKEZ AĞIRLIKLI, MERKEZİN KATKISIYLA YAPILAN ÇALIŞMALARA DAYANDIRILARAK YAYINLANAN BİLİMSEL YAYINLAR
Kitap Bölümü
Gökçeli, S., Karabulut Kurt, G., Anarım, E., “Cognitive Radio Testbeds: State of the Art and an

Implementation, Chapter Spectrum Access and Management for Cognitive Radio

Networks”, Part of the series Signals and Communication Technology pp 183-210,

Springer, 2016.

Aran, O., Arı, İ., Kındıroğlu, A., Santemiz, P., Akarun, A., "Otomatik İşaret Dili Tanıma ve Türk

İşaret Dili için Bilgisayar Uygulamaları",  Ellerle Konuşmak: Türk İşaret Dili Araştırmaları,

s: 471-498, Editör: Engin Arık, Koç University press, 2016.
Kökçiyan, N., Yolum, P., “PriGuardTool: A Web-Based Tool to Detect Privacy Violations

Semantically”, in Engineering Multiagent Systems, Springer 2016: 81-98

Kitap
Chetouani, M., J. Cohn, A.A. Salah, "Human Behavior Understanding,", Proceedings Seventh Int.

Workshop, HBU 2016, Amsterdam, The Netherlands, October 16, 2016, Springer

International Publishing, Switzerland Matbaası, İstanbul, 2016.
Makale
Doslu, M., Bingöl, H., “Context Sensitive Article Ranking with Citation Context Analysis”,

Scientometrics, 1-19, 2016.

Görer, B., Salah, A.A., Akın, H.L., "An Autonomous Robotic Exercise Tutor for Elderly People",

Autonomous Robots, 2016.

Akın, H.L., Amato, N.M., Işler, V., Van Der Stappen , A.F., "Special Issue on the Eleventh Workshop

on the Algorithmic Foundations of Robotics, 2014 ," The International Journal of Robotics

Research, Vol. 35, No.5, pp. 437, 2016.
Van Der Stappen, A.F., Akın, H.L., Amato, N.M., Işler, V., "Guest Editorial Special Section on the

11^th Workshop on the Algorithmic Foundations of Robotics (WAFR 2014)," IEEE

Transactions on Automation Science and Engineering, Vol. 13, No.2, pp. 414, 2016.
Keskin, E., Altınel, K., Aras, N., Ersoy, C., “Wireless Sensor Network Design by Lifetime

Maximization: An Empirical Evaluation of Integrating Major Design Issues and Sink

Mobility”, Sensor Networks, No:3, Vol. 20, 2016.
Yiğitel, M.A., Incel, O.D., Ersoy, C., "Dynamic BS Topology Management for Green Next Generation

HetNets: An Urban Case Study, IEEE Journal on Selected Areas on Communications, Vol.34,

No:12, pp. 3482 - 3498, December 2016.
Arnrich, B., Ersoy, C., Mayora, O., Dey, A., Berthouze, N., Kunze, K., “Wearable Therapy –

Detecting Information from Wearables and Mobiles that are Relevant to Clinical and Self-

directed Therapy”, Methods of Information in Medicine, December 2016.
Kalkan, K., Alagöz, F., “A Distributed Filtering Mechanism Against Ddos Attacks: ScoreForCore”,

Computer Networks, October, 2016

Dinç, E., Alagöz, F., Akan, O., ”Path-Loss and Correlation Analysis for Space and

Polarization Diversity in Surface Ducts”, IEEE Transactions on Antennas and Propagation

64 (10), 4498-4503, 2016
Gündoğdu, D., İncel, Ö.D., Salah, A.A., Lepri, B., "Countrywide Arrhythmia: Emergency Event

Detection Using Mobile Phone Data," EPJ Data Science, vol.5, no.25, 2016.

DOI:10.1140/epjds/s13688-016-0086-0.

Kaya, H., Salah, A.A., "Combining Modality-Specific Extreme Learning Machines for Emotion

Recognition in the Wild", Journal on Multimodal User Interfaces, 10(2), pp. 139-149,

DOI: 10.1007/s12193-015-0175-6, 2016.

Karpov, A.A., Kaya, H., Salah, A.A., "State-of-the-Art Tasks and Achievements of Paralinguistic

Speech Analysis Systems," (in Russian) Scientific and Technical Journal of Information

Technologies, Mechanics and Optics, vol. 16, no. 4, pp. 581-592, 2016.
Şenyuva, V., Kurt, G., Anarım, E., “Electromagnetic Imaging of Closely Spaced Objects using

Matching Pursuit Based Approaches”, IEEE Antennas and Wireless Propagation Letters ,

1179 - 1182 , Vol. 15, 2016.
Ersoy, O., Anarım, E., “A CRT-based Verifiable Secret Sharing Scheme Secure Against Unbounded

Adversaries”, Security and Communication Networks, Volume 9, Issue 17, 25,

pp.4416–4427, 2016.
Şenyuva, V., Kurt, G., Anarım, E., “Compressive Sensing Based Joint Frequency Offset and Channel

Estimation for OFDM”, EURASIP Journal on Wireless Communications and Networking,

2016.
Kara, O., Ergüler, İ., Anarım, E., “A New Security Relation Between Information Rate and State

Size of a Keystream Generator” Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer

Sciences, 1916-1929, 2016.
Pamuk, U., Karakuzu, A., Öztürk, C., Acar, B., Yücesoy, C.A., “Combined Magnetic Resonance And

Diffusion Tensor Imaging Analyses Provide A Powerful Tool For In Vivo Assessment of

Deformation Along Human Muscle Fibers”, Journal of the Mechanical Behavior of

Biomedical Materials, October 2016, vol. 63, pp. 207-219.

Carolien G.F. de Kovel, Eva H. Brilstra, Marjan J.A. van Kempen, Ruben van’t Slot, Isaac J. Nijman,

Zaid Afawi, Peter De Jonghe, Tania Djemie, Renzo Guerrini, Katia Hardies, Ingo Helbig, Rik

Hendrickx, Moine Kanaan, Uri Kramer, Anna-Elina E. Lehesjoki, Johannes R. Lemke, Carla

Marini, Davide Mei, Rikke S. Moller, Manuela Pendziwiat, hannah Stamberger, Arvid Suls,

Sarah Weckhuysen, EuroEPINOMICS RES Consortium (Balling R, Barisic N, Baulac S,

Çağlayan, H.S., Craiu DC, Depienne C, Gormley P, Hjalgrim H, Hoffman-Zacharska D, Jahn J,

Klein KM, Komarek V, LeGuern E, Lerche H, May P, Muhle H, Pal D, Palotie A, Rosenow F,

Selmer K, Serratosa JM, Sisodaya SM, Stephani U, Sterbova K, Striano P, Talvik T,, van Haelst

M, Verbeek N, von Spiczak S, Weber YG), Bobby P.C. Koeleman (2016) “Targeted

Sequencing of 351 Candidate Genes for Epileptic Encephalopathy in A Large Cohort of

Patients”, Molecular Genetics & Genomic Medicine 4(5): 568-580. Doi: 10.1002/mgg3.235.
Hardies, K., Cai, Y., Jardel, C., Jansen, A.C., Cao, M., May, P., Djemie, T., Le Camus, C.H., Keymolen,

K., Deconinck, T., Bhambhani, V., Long, C., Sajan, A.S., Helbig, K.L., AR working group of the

EuroEPINOMICS RES Consortium (Zaid Afawi; Stephanie Baulac; Nina Barisic; Hande

Çağlayan; Dana Craiu; Carolien G. De Kovel; Rosa Guerrero Lopez; Renzo Guerrini; Helle

Hjalgrim; Holger Lerche; Johanna Jahn; Karl Martin Klein; Bobby C. Koeleman; Eric

Leguern; Johannes Lemke; Carla Marini; Hiltrud Muhle; Felix Rosenow; Jose M. Serratosa;

Katalin Štěrbova; Rikke S. Moller; Aarno Palotie; Pasquale Striano; Yvonne Weber; Federico

Zara), Arvid Suls, Rudi Balling, Ingo Helbig, Peter De Jonghe Christel Depienne, Pietro De

Camilli and Sarah Weckhuysen (2016) Loss of SYNJ1 Dual Phosphatase Activity Leads to

Early Onset Refractory Seizures and Progressive Neurological Decline, Brain 139:2420-

2430. Doi:10.1093/brain/aww|80.

Johannesen, K,C., Marini, S Pfeffer, R S Møller, T Dorn, C Niturad, E Gardella, Y Weber, M

Søndergård, H Hjalgrim, M Nikanorova , F Becker, L HG Larsen , H A Dahl, O Maier, D Mei, S

Biskup, K M Klein, P Reif, F Rosenow, A F Elias, C Hudson, K L Helbig, S Schubert-Bast, M. R.

Scordo, D craiu, D Tania, D Hoffman, H Caglayan, I Helbig, J Serratosa, P Striano, P D Jonghe,

S Weckhuysen, S Arvid,  K Muru, T Talvik, Hiltrud Muhle, Ingo Borggraefe, Imma Rost, R

Guerrini, H Lerche, J R Lemke, G Rubboli, S Maljevic (2016) Phenotypic Spectrum Of

GABRA1 Gene: From İdiopathic Generalized Epilepsies to Severe Epileptic

Encephalopathies, Neurology 87(11):1140-1151. Doi: 10.1212/WNL.0000000000003087.
Usluer, S., Salar, S., Kara, B., Arslan, M., Yiş, U., Meral, C., Tektürk, P., Baykan, B., Türkdoğan, D.,

Bebek, N., Yalçın Çapan, Ö., Gündoğdu Eken, A., Çağlayan, S.H., (2016),  SCN1A Gene

Sequencing in 46 Turkish Epilepsy Patients Disclosed 12 Novel Mutations, Seizure-

European Journal of Epilepsy, 39:34-43. Doi:10.2016/j.seizure.2016.05.008

Lal, D., Eva M. Reinthaler, Borislav Dejanovic, Patrick May, Holger Thiele, Anna-Elina

Lehesjoki, Günter Schwarz, Erik Riesch, M. Arfan Ikram, Cornelia M. van Duijn, Andre G.

Uitterlinden, Albert Hofman, Hannelore Steinböck, Ursula Gruber-Sedlmayr, Birgit

Neophytou, Federico Zara, Andreas Hahn, Genetic Commission of the Italian League against

Epilepsy, EuroEPINOMICS CoGIE Consortium (Aarno Palotie, Anna-Elina Lehesjoki, Ann-

Kathrin Ruppert, Arvid Suls, Auli Siren, Birgit Neophytou, Bobby Koeleman, Dennis Lal,

Edda Haberlandt, Eva Maria Reinthaler, Federico Zara, Felicitas Becker, Fritz Zimprich,

Gabriel Ronen, Hande Caglayan, Helle Hjalgrim, Hiltrud Muhle, Hannelore Steinböck,

Herbert Schulz, Holger Lerche, Holger Thiele, Ingo Helbig, Janine Altmüller, Julia Geldner,

Julian Schubert, Kamel Jabbari, Kate Everett, Martha Feucht, Martina Balestri, Michael

Nothnagel, Pasquale Striano, Patrick May, Peter Nürnberg, Rikke  S Møller, Rima Nabbout,

Roland Krause, Rudi Balling,; Stephanie Baulac, Thomas Sander, Ursula Gruber-Sedlmayr,

Wolfram Kunz, Yvonne Weber) Padhraig Gormley, Felicitas Becker, Yvonne Weber, Maria

Roberta Cilio, Wolfram Kunz, Roland Krause, Fritz Zimprich, Johannes R. Lemke, Peter

Nürnberg, Thomas Sander, Holger Lerche and Bernd A. Neubauer (2016) Evaluation of

Presumably Disease Causing SCN1A Variants in a Cohort of Common Epilepsy Syndromes,

Plos One, 11(3):e0150426.doi:10.1371/journal .pone.0150426
Djémié, T., Sarah Weckhuysen, Sarah von Spiczak, Gemma L Carvill, Johanna Jaehn, Anna-Kaisa

Anttonen, Eva Brilstra, Hande S Caglayan, Carolien G de Kovel, Christel Depienne, Eija Gaily,

Elena Gennaro, Beatriz G Giraldez, Padhraig Gormley, Rosa Guerrero-López, Renzo

Guerrini, Eija Hämäläinen, Corinna Hartmann, Laura Hernandez-Hernandez, Helle Hjalgrim,

Bobby P Koeleman, Eric Leguern, Anna-Elina Lehesjoki, Johannes R Lemke, Costin Leu,

Carla Marini, Jacinta M McMahon, Davide Mei, Rikke S Møller, Hiltrud Muhle, Candace T

Myers, Caroline Nava, Jose M Serratosa, Sanjay M Sisodiya, Pasquale Striano, Marjan JA van

Kempen, Nienke E Verbeek, Sunay Usluer, Federico Zara, Aarno Palotie, Heather C Mefford,

Ingrid E Scheffer, Ulrich Stephani, Peter De Jonghe, Ingo Helbig, Arvid Suls,

EuroEPINOMICS-RES Dravet Working Group (2016) Pitfalls in Genetic Testing: The Story of

Missed SCN1A Mutations, Molecular Genetics and Genomic Medicine,

Doi:10.1002 /mgg3.217

Mignot, C., Celina von Stülpnagel, Caroline Nava, Dorothée Ville, Damien Sanlaville, Gaetan Lesca,

Agnès Rastetter, Benoit Gachet, Yannick Marie, G. Christoph Korenke, Ingo

Borggraefe,Dorota Hoffmann-Zacharska, Elżbieta Szczepanik, Mariola Rudzka-Dybała, Uluç

Yiş, Hande Çağlayan, Arnaud Isapof, Isabelle Marey, Eleni Panagiotakaki, Christian Korff, Eva

Rossier, Angelika Riess, Stefanie Beck-Woedl, Anita Rauch, Christiane Zweier, Juliane Hoyer,

André Reis, Mironov Mikhail, Maria Bobylova, Konstantin Mukhin, Laura Hernandez-

Hernandez, Bridget Maher, Sanjay Sisodiya, Sarah Wechuysen, Candace T. Myers, Heather C.

Mefford, Konstanze Hörtnagel, Saskia Biskup, EuroEPINOMICS-RES MAE working group,

Johannes R. Lemke, Delphine Héron, Gerhard Kluger, Christel Depienne (2016) Genetic and

Neurodevelopmental Spectrum of SYNGAP1-Associated Intellectual Deficiency and

Epilepsy, Journal of Medical Genetics, June 6, 0:1-12, doi: 10.1136/jmedgenet-2015-103451
Soner, S., Özturan, C., "A New Auction Based Scheduler For Heterogeneous Systems with

Moldable Generic Resources Support", Concurrency and Computation: Practice   and

Experience, Vol. 28, No. 8,  p. 2341-2352, 2016. 
Dikici, E., Saraçlar, M., “Semi-Supervised and Unsupervised Discriminative Language Model

Training for Automatic Speech Recognition”, Speech Communication, 83:54-63, Oct 2016.

Altay,C.,Deliç,H.,"Optimal Quantization Intervals in Distributed Detection",
IEEE Transactions on Aerospace and Electronic Systems, Vol. 52, No. 1, pp. 38-48, January

2016.
Türkoğulları, Y., Taşkın, Z.C., Aras, N., Altınel, İ.K., “Optimal Berth Allocation, Time -variant Quay

Crane Assignment and Scheduling with Crane Setups in Container Terminals”, European

Journal of Operational Research, 254 (2016) 985 – 1001.

Keskin, M.E., Altınel, İ.K., Aras, N., Ersoy, C., “Wireless Sensor Network Design by Lifetime

Maximization: An Empirical Evaluation of Integrating Major Design Issues and Sink

Mobility”, International Journal of Sensor Networks, 20 (2016) 131 – 146.
Yigitel, Ö. Durmaz Incel, Ersoy, C., “Dynamic BS Topology Management for Green Next

Generation HetNets: An Urban Case Study”, IEEE Journal on Selected Areas - Series on

Green Communications and Networking, Volume: 34, Issue: 12, Dec. 2016.
Gündoğdu, D., Durmaz İncel, Ö., Salah, A.A., Lepri, B., “Countrywide Arrhythmia: Emergency

Event Detection Using Mobile Phone Data”, EPJ Data Science, 5: 25, 2016.

Yiğit, M., Durmaz Incel, Ö., Baktır, S., Güngör, V.C “.,QoS-Aware MAC Protocols Utilizing Sectored

Antenna for Wireless Sensor Networks-Based Smart Grid Applications”, Internatıonal

Journal of Communıcatıon Systems, 2016.
Shoaib, M., Bosch, S., Durmaz Incel, Ö., Scholten, H., Havinga, P.J.M., “Complex Human Activity

Recognition Using Smartphone and Wrist-Worn Motion Sensors, Sensors 2016”, 16, 4, 426.

Kayaaltı, B., Cerid, Ö., Dündar, G., “A 0.18 um Current-Mode Asynchronous Sigma-Delta

Modulator Design,” TÜBİTAK Elektrik Dergisi, Vol. 24, No. 6, pp. 4569 – 4581,

December 2016.
Pak, M., Fernandez, F.V., Dündar, G., “Comparison of QMC-Based Yield-Aware Pareto Front

Techniques for Multi-Objective Robust Analog Synthesis,” Integration, the VLSI Journal, Vol.

55, No. 9, pp. 357-365, Sept. 2016.
Afacan, E., Berkol, G., Dündar, G., Pusane, A.E., Başkaya, F., “A Lifetime-Aware Analog Circuit

Sizing Tool,” Integration, the VLSI Journal, Vol. 55, No. 9, pp. 349-356, Sept. 2016.

Sağlamdemir, M.O., Berkol, G., Dündar, G., Şen, A., “An Analog Behavioral Equivalence Boundary

Search Methodology for Simulink Models and Circuit Level Designs Utilizing Evolutionary

Computation, Integration, the VLSI Journal, Vol. 55, No. 9, pp. 366-375, Sept. 2016.

Afacan, E., Berkol, G., Dündar, G., Pusane, A.E., Başkaya, F., “An Analog Circuit Synthesis Tool

Based on Efficient and Reliable Yield Estimation,” Microelectronics Journal, Vol. 54, No. 8,

pp. 14 -22, August 2016.

Kömürcü, G., Pusane, A.E., Dündar, G., “Effects of Aging and Compensation Mechanisms in

Ordering Based RO-PUFs,” Integration, the VLSI Journal, Vol. 52, pp. 71-76, 2016.

Gökdeniz, E., Özgür, A., Canbeyli, R., “Automated Neuroanatomical Relation Extraction: A

Linguistically Motivated Approach with a PVT Connectivity Graph Case Study. Frontiers in

Neuroinformatics, 10:39. doi: 10.3389/fninf.2016.00039, 2016.
Kim, S., Rezarta Islamaj Dogan, Andrew Chatr-aryamontri, Christie S. Chang, Rose Oughtred,

Jennifer M. Rust, Riza Batista-Navarro, Jacob Carter, Sophia Ananiadou, Sérgio Matos, André

Santos, David Campos, José Luís Oliveira, Onkar Singh, Jitendra Jonnagaddala, Hong-Jie Dai,

Emily Chia-Yu Su, Yung-Chun Chang, Yu-Chen Su, Chun-Han Chu, Chien Chin Chen, Wen-

Lian Hsu, Yifan Peng, Cecilia N. Arighi, Cathy H. Wu, K. Vijay-Shanker, Ferhat Aydin, Zehra

Melce Hüsünbeyi, Arzucan Özgür, Soo-Yong Shin, Dongseop Kwon, Kara Dolinski, Mike

Tyers, W. John Wilbur, Donald C. Comeau. BioCreative V BioC Track Overview:

Collaborative Biocurator Assistant Task for BioGRID. Database, 2016 : baw121.

doi: 10. 1093/database/baw121, 2016.
Öztürk, H., Özkırımlı, E., Özgür, A., “A Comparative Study of SMILES-Based Compound Similarity

Functions for Drug-Target İnteraction Prediction”, BMC Bioinformatics, 17:128, 2016.

Yıldırım, A., Üsküdarlı, S., Özgür, A., “Identifying Topics in Microblogs Using Wikipedia”, PLoS

ONE, 11(3): e0151885, 2016.

Aydın, F., Hüsünbeyi, Z.M., Özgür, A., "Automatic Query Generation Using Word Embeddings For

Retrieving Passages Describing Experimental Methods", Database: The Journal of Biological

Databases and Curation 2017 (2017).
Özgür, A., Junguk, H., Yongqun, H., "The Interaction Network Ontology-Supported Modeling and

Mining of Complex İnteractions Represented with Multiple Keywords in Biomedical

Literature", BioData Mining 9.1 (2016): 41.
Hatay, G.H., Yıldırım, M., Öztürk-Işık, E., “Considerations in Applying Compressed Sensing to in

Vivo Phosphorus MR Spectroscopic İmaging of Human Brain at 3T”, Medical & Biological

Engineering & Computing. Nov 2016. DOI: 10.1007/s11517-016-1591-9.
Öztürk, I.E., “Beyin Tümörlerinin 3t Manyetik Alanda in Vivo Fosfor Manyetik Rezonans

Spektroskopik Görüntüleme Piklerinin Z-Skorlarına Dayalı İncelenmesi”, İstanbul Tıp

Fakültesi Dergisi, 79 (2), 66-71. DOI: 10.18017/iuitfd.78438.

Kafalı, Ö., Yolum, P., “PISAGOR: A Proactive Software Agent for Monitoring İnteractions. Knowl”,

Inf. Syst. 47(1): 215-239 (2016).
Kökciyan, N., Yolum, P., “PriGuard: A Semantic Approach to Detect Privacy Violations in Online

Social Networks”, IEEE Trans. Knowl. Data Eng. 28(10): 2724-2737 (2016).