Markerlar

Yuqorida aytib o'tilganidek, genomik markerlar kuchli va zaif tomonlarga ega, shuning uchun markerlarni ko'rib chiqish va bilish ularni ishlatishdan oldin zarurdir. Masalan, RAPD markeri dominant hisoblanadi (faqat bitta farqlanish bandini aniqlaydi) va u takrorlanadigan natijalarga sezgir bo'lishi mumkin. Bu odatda uni ishlab chiqarilgan sharoitga bog'liq. RAPD-lar namunalar ishlab chiqarilganda ikkita namunalar bir xil joyni bo'lishini taxmin qilish bilan ham qo'llaniladi. Turli xil markerlarga DNKning har xil miqdori kerak bo'lishi mumkin. RAPD uchun faqat 0,02ug DNK kerak bo'lishi mumkin, RFLP markerida esa aniqlanadigan natijalarni olish uchun undan ajratilgan 10ug DNK kerak bo'lishi mumkin. Hozirda SNP markerlari bir nechta ekinlarda naslchilik dasturlarida potentsial vosita bo'lib chiqdi.