Kierunek autorski

Podstawy chemii ogólnej, nieorganicznej i organicznej. Podstawy fizyki i matematyki

Piśmiennictwo:

1. 
   Berg J.M., Tymoszko J.L., Stryer L. Biochemia. PWN. Warszawa. 2007, 2005.
   
2. 
   Hames B.D., Hooper N.M., Houghton J.D. Biochemia – krótkie wykłady. PWn. Warszawa, 2002.
   
3. 
   Aktualne publikacje i prace przeglądowe.
   
4. 
   Murray R.K. i in. Biochemia Harpera. PZWL. Warszawa, 1995
   

Wydział: MFCh	Instytut: Fizyki			Rodzaj studiów: DZ
Kierunek: Biofizyka			Specjalność:
Nazwa przedmiotu: Matematyczne metody biofizyki
Kod Socratesa:		Nr przedmiotu:			Semestr: III
Forma zajęć: W + K		Liczba godzin: 30 + 30			Liczba punktów: 5

Status przedmiotu: obowiązkowy

Prowadzący: prof. dr hab. J. Łuczka

Opis przedmiotu:

1. 
   Równania różniczkowe zwyczajne i metody jakościowe ich analizy. Stany stacjonarne i ich stabilność. Cykle graniczne. Elementy teorii bifurkacji. Bifurkacje Hopfa.
   

Własności chaotyczne rozwiązań deterministycznych.

2. 
   Odwzorowania iteracyjne: Punkty stałe i cykle. Stałe Feigenbauma. Chaos.
   
3. 
   Fraktale: Samopodobieństwo i skalowanie. Wymiar fraktalny. Przykłady obiektów fraktalnych w układach biologicznych.
   
4. 
   Równania różniczkowe cząstkowe typu parabolicznego. Dyfuzja przez membrany. Dyfuzja w nieograniczonej przestrzeni.
   

Cele: Pokazanie możliwości opisu zjawisk zachodzących w świecie materii ożywionej metodami matematycznymi.
Metody i formy nauczania: zajęcia w postaci wykładu i konwersatorium, w trakcie których przerabiane będą przykłady i zadania z problemów omawianych na wykładach.
Forma zaliczania przedmiotu: zaliczenie i zdanie egzaminu ustnego
Założenia / Zalecana wiedza:
Zapisy na zajęcia: TAK
Literatura:

1. 
   A. Palczewski, Równania różniczkowe zwyczajne.
   
2. 
   E. Ott, Chaos w układach dynamicznych.
   
3. 
   H. –O. Peitgen, H. Jurgens, D. Saupe, Granice chaosu. Fraktale.
   
4. 
   J. Hale, H. Kocak, Dynamics and Bifurcations.
   

Wydział: MFCh	Instytut: Fizyki			Rodzaj studiów: DZ
Kierunek: Biofizyka			Specjalność:
Nazwa przedmiotu: Krystalochemia
Kod Socratesa:		Nr przedmiotu:			Semestr: III
Forma zajęć: W i K		Liczba godzin: 30 + 15			Liczba punktów: 3

Status przedmiotu: obowiązkowy

Prowadzący: dr hab. Barbara Machura & prof. dr hab. Alicja Ratuszna

Opis przedmiotu:

1. Proces krystalizacji – metody otrzymywania kryształów.

2. Pojęcie kryształu jako fazy uporządkowanej. Elementy krystalografii geometrycznej. Operacje symetrii i elementy symetrii. Reprezentacja macierzowa operacji symetrii. Symetria punktowa. Układy krystalograficzne. Klasy krystalograficzne i ich symbolika międzynarodowa.

3. Krystalochemia. Typy oddziaływań w sieci krystalicznej - klasyfikacja kryształów. Zasada najgęstszego wypełnienia przestrzeni przez kule styczne. Główne typy koordynacji. Izotypia, roztwory stałe i izomorfizm. Polimorfizm. Wybrane struktury pierwiastków i związków chemicznych. Rzeczywista budowa ciał krystalicznych. Elementy krystalochemii biomolekuł.

4. Wykorzystanie zjawiska dyfrakcji do badań kryształów-rentgenografia, elektronografia i neutronografia. Promienie rentgenowskie – otrzymywanie i własności. Równanie Laue’go i Bragga, konstrukcja Ewalda. Amplituda struktury. Dyfrakcja na monokryształach i preparatach polikrystalicznych. Obraz dyfrakcyjny kryształu a symetria kryształu. Wyznaczanie struktury kryształu w oparciu o jego obraz dyfrakcyjny.

Strukturalne bazy danych.

Metody i formy nauczania: środki audiowizualne, ćwiczenia przy komputerze, zapoznanie się z programami krystalograficznymi, z bazami danych struktur.
Forma zaliczania przedmiotu: kolokwium zaliczeniowe
Założenia / Zalecana wiedza: Podstawy chemii
Zapisy na zajęcia: TAK

Literatura:

1. 
   M. Van Meerssche, J. Feneau-Dupont, Krystalografia i chemia strukturalna, PWN, Warszawa 1984.
   
2. 
   P. Luger, Rentgenografia strukturalna monokryształów, PWN, Warszawa 1989.
   
3. 
   Z. Trzaska Durski i H. Trzaska Durska, Podstawy krystalografii strukturalnej i rentgenowskiej, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 1994.
   
4. 
   Z. Trzaska Durski i H. Trzaska Durska, Podstawy krystalografii, Oficyna Wydawnicza Politechniki Warszawskiej, Warszawa 2003.
   
5. 
   Z. Kosturkiewicz, Metody krystalografii, Wydawnictwo Naukowe UAM, Poznań 2004.
   
6. 
   Z. Bojarski, M. Gigla, K. Stróż, M. Surowiec, Krystalografia, PWN, Warszawa, 2007.
   
7. 
   G. R. Desiraju, T. Steiner, The Weak Hydrogen Bond in Structural Chemistry and Biology, Oxford University Press, (1999).
   
8. 
   W. Clegg, A.J. Blake, R.O. Gould, P. Main, Crystal Structure Analysis. Principles and Practice, Oxford University Press, Oxford, 2001.
   
9. 
   Fundamentals of Crystallography, C. Giacovazzo, ed., Oxford University Press, Oxford, 2002.
   
10. 
    J. Drenth, J. Mesters, Principles of Protein X-ray Crystallography, Springer Verlag, New York, 2006.
    
11. 
    A. Messerschmidt, X-Ray Crystallography of Biomacromolecules: A Practical Guide, Wiley, 2007
    
12. 
    W. Clegg, A.J. Blake, R.O. Gould, P. Main, Crystal Structure Analysis. Principles and Practice, Oxford University Press, Oxford, 2001.
    
13. 
    Fundamentals of Crystallography, C. Giacovazzo, ed., Oxford University Press, Oxford, 2002.
    

Wydział: MFCh	Instytut: Fizyki			Rodzaj studiów: DZ
Kierunek: Biofizyka			Specjalność:
Nazwa przedmiotu: Podstawy termodynamiki; termodynamika procesów biologicznych
Kod Socratesa:		Nr przedmiotu:			Semestr: IV
Forma zajęć: W + K		Liczba godzin: 30 + 30			Liczba punktów: 5